美国约翰-霍普金斯大学的研究认为，人工授精存在一定程度的风险，试管婴儿在出生时或在出生不久后的死亡率至少是正常婴儿的两倍，可出现早熟或出生体重过轻的问题。研究也暗示，试管婴儿更可能出现一些少有的基因变异，此外，试管婴儿多胞胎的出现概率比自然状态下增加了10—30倍。研究无法确定试管婴儿的问题症结所在。一种可能是在实验室培育人类胚胎的技术干扰了婴儿的正常发育，导致问题的出现；但也可能是无法生育的夫妇出现问题遗传了有害的基因。或者无法生育的母亲在生产期间出现了健康问题而影响了婴儿。

　　美国旧金山加州大学对2000名通过生育治疗怀孕的妇女和2000名自然怀孕分娩的母亲进行跟踪对比调查发现，原先的不孕妇女在通过技术手段怀孕后出现更多的并发症，如早产、惊厥、难产和剖腹产。她们所生子女的体重也比正常出生的婴儿轻20%以上。

　　英国伦敦有医院报道，自闭症在一般人群中的发病率是0.39%，而在试管婴儿中患病的风险高达1.56%，是普通人的4倍。同时，他们患白血病和脑肿瘤的几率也高得多，影响听觉和视觉的疾病状况更是比普通人高出两倍。

　　瑞典乌普萨拉市儿童医院的研究发现，试管婴儿更可能患有明显的精神方面的疾病，特别是脑瘫。对比研究得出的结论是，试管婴儿中患脑瘫的人数比普通婴儿高出一倍以上，这些结果“很可能是在体外授精过程中造成的”。

　　中山大学附属第一医院生殖中心对1995—2001年间1303例可追踪到的试管婴儿，以及同期在该院产科通过自然妊娠分娩的10125例婴儿进行调查发现，试管婴儿中有28例畸形，其中1例通过产前诊断已经引产，试管婴儿的出生缺陷率为2.1%；而自然妊娠的婴儿234例畸形，出生缺陷率为1.9%。出生畸形包括生殖器、消化道异常、骨骼、肌肉、染色体异常等，两者出生缺陷率在统计学上没有显著差异。但统计还发现，试管婴儿的孕妇平均生育年龄是31.35岁，自然妊娠孕妇则为27.2岁，前者平均生育年龄高于后者，生育风险增加。